Os Bijagós são superlativos santuários de natureza. Bubaque é um bom ponto de partida para a exploração das ilhas, a não ser que se contrate previamente, a partir de Bissau, incursões a Orango e a João Vieira, por exemplo. No Parque Nacional de Orango, para além das aves migradoras e locais que nidificam nas ilhas, há várias espécies de mamíferos aquáticos: hipopótamos, crocodilos, lontras, tartarugas e golfinhos. Em terra, as florestas são morada de macacos e gazelas. O Parque Nacional Marinho de João Vieira e Poilão abrange quatro ilhas que não são habitadas permanentemente e que apenas são utilizadas pelas populações das tabancas de Canhambaque para fins cerimoniais e agrícolas. A ilha é o local mais importante de todo o Atlântico Oriental para a desova da tartaruga verde.
